A Budapesti Törvényhatósági Bizottság 1927-ben megszüntette a mai Rózsák terén található Erzsébet Szeretet Otthont. Helyette egy 1600 férőhelyes korszerű otthon megépítését tűzték ki célul.
A kiírt tervpályázat alapján egy külön rész épült 1000 férőhellyel az ápolásra szoruló, de egészséges gondozottak számára, egy kisebb részt kapott a kórház-szerűen működő betegeket ápoló rész 450 férőhellyel, a harmadiképület pedig a tüdőbetegeknek nyújtott gyógyulásra alkalmas helyet 150 ággyal.
1930-ban elkezdődtek a munkálatok, majd az ünnepélyes átadására 1932. június 21.-én került sor. Az eredeti tervektől eltérően, Kőbánya lakosságát ellátó, aktív intézményként kezdte meg működését Horthy Miklós Kórház néven egészen a szovjet megszállásig.
Az Intézmény a 20. század elején egyedülállónak számított egész Európában. Sétálókerttel, sportpályával rendelkezett, a folyosókat üveg-márvány borította, hatalmas teraszok díszítették az épületet. A főépületben egy házi kápolna is helyet kapott a félrevonulni vágyóknak.
A Kórház betegei, az első időszakban (1932-1940) Kőbánya Auguszta- és Sibrik-telepének lakói voltak. A II. világháború alatt a Szent László Kórházat ért bombatámadásokat követően a háború sebesültjei foglalták el a kórtermeket. A háború után nevezték el Bajcsy-Zsilinszky Endréről, aki politikusként és újságíróként tevékenykedett az 1900-as évek elején. 1944-ben kivégezték a nyilas uralom alatt, nemzeti ellenállás miatt.
1950-ben Kőbánya két szülőotthonát, a ’Gizellát’ és a ’Paulát’ a Kórházhoz csatolták. Emellett azonban szükség volt egy korszerűbb nőgyógyászati osztályra is, amely 1955-ben meg is nyitotta kapuit a Kórház épületén belül. Később a két szülőotthont krónikus osztályokká alakították át. 1953-ban került az Intézmény kardiológia osztályára az Európa hírű Zárday Imre professzor mellé a később szintén híres kardiológus, Dr. Kerkovits Gyula, akinek az intenzív kardiológia kiteljesedését köszönhetjük.
Az 50-es évektől kezdve folyamatosan, egyre több osztály került a Kórház épületébe, köztük a fül- orr- gégészeti osztály, egy labor, valamint a röntgen osztály és a gyógyszertár is megnyitásra került. Ez utóbbi igen jelentősen megkönnyítette a Kórház működését, mert ezt megelőzően az István Kórházból szállították ide a szükséges gyógyszereket. A fül- orr- gégészeti osztály korszerű műtőket is kapott. Új kiszolgáló egységeket hoztak létre.
A Kórház megnyitásától kezdve a betegforgalom is jelentősen megnőtt ez alatt a 40 év alatt. 1970-re 17.376 lett az ellátott betegek száma. 1971-ben átadtak egy új épületet 103 ággyal. Ekkorra már Területi Vezető Kórház lett az Intézmény. Ebben az időben kezdte meg működését a ma is nagyon jó szakmai hírnévvel rendelkező szemészeti osztály. 1977 januárjában csatolták a Kórházhoz a X. kerületi felnőtt járóbeteg szakellátást, majd négy évvel később, 1981-ben a XVII. kerületi felnőtt járóbeteg szakellátást is, valamint ezek gyermek alapellátását is az Intézmény feladatai közé sorolták.
1997-ben, az Intézmény 65. évfordulója alkalmából, felavatták a Kórház parkjában található „Professzorok Tornyát”, amely a kórház híres orvosprofesszorainak állít emléket.
A következő két évben jelentős korszerűsítés folyt az orvosi műszerpark terén. A fővárosi kórházak közül elsőként vezette be a Bajcsy Kórház az ISO minőségbiztosítási rendszert.
A 2000-es évek eleje további fejlesztésekkel telt. 2006-ban egy igen jelentős beruházást hajtottak végre az Intézményben. A Kőbányai Önkormányzat kiadta a régi „H” épület lebontásának engedélyét, majd építési engedélyt is adott. Ezzel is emelve az ellátás színvonalát. A fejlesztések közé tartozott a „C” és „D” épületek között épülő összekötőhíd és a kiépített alagsori folyosók létrehozása, amelyek összekötötték az összes többi épületet is egymással, ezzel is segítve az akadálymentes közlekedést, valamint az időjárással járó viszontagságok kiküszöbölését.
2010-ben megnyitotta kapuit a VIP részleg, majd 2012-ben a Sürgősségi Osztály is működésbe lépett. 2014 tavaszán ünnepi keretek között adták át az új Szent Erzsébet Kórházkápolnát, Dr. Erdő Péter bíboros felszentelésével.
2015-ben integrálták a Bajcsy-Zsilinszky Kórház és Rendelőintézet üzemeltetése alá a Monori Szakrendelőt, majd 2016-ban hozzákapcsolták a Gyömrői Szakrendelőt is. Ezzel az együttműködési megállapodással a szakrendelők külső megújulása is (homlokzat, parkoló) kezdetét vette.
2022-ben átadásra került a Bajcsy Kórház területén épült új kőbányai Kerkovits Gyula Központi Rendelőintézet, amely teljes felszereltséggel várja a lakosságot.